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Al norte, el río Harlem divide la isla de Manhattan del Bronx y del territorio continental de los Estados Unidos. Varias islas pequeñas también forman parte del distrito de Manhattan, entre ellas Randall's Island, Wards Island y Roosevelt Island en el East River, y Governors Island y Liberty Island al sur en el puerto de Nueva York. La isla de Manhattan tiene una superficie de 59 km², 21,6 km de largo y 3,7 km de ancho, en su punto más ancho (cerca de la calle 14).

Manhattan se divide en Downtown (Lower Manhattan), Midtown (Midtown Manhattan) y Uptown (Upper Manhattan), con la Quinta Avenida dividiendo los lados este y oeste de Manhattan. La isla de Manhattan está delimitada por el río Hudson al oeste y el East River al este.

El lecho de roca que se encuentra debajo de gran parte de Manhattan es un esquisto de mica conocido como esquisto de Manhattan. Se trata de una roca metamórfica fuerte y competente que se creó cuando se formó Pangea. Es muy adecuada para los cimientos de edificios altos y las dos grandes concentraciones de rascacielos de la isla se encuentran en lugares donde la formación está cerca de la superficie. En Central Park, hay afloramientos de esquisto de Manhattan y Rat Rock es un ejemplo bastante grande.